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Entscheidend für einen genauen Bodenbefund ist die sorgfältige Entnahme der Bodenprobe. Zur Entnahme einer Bodenprobe eignet sich am besten ein Bodenbohrer. Wenn kein Bodenbohrer zur Verfügung steht, kann notfalls auch ein Spaten verwendet werden. Die entnommene Erde soll in einem sauberen Eimer gesammelt und auf jeden Fall besonders gut durchmischt werden.

Die Entnahme der Bodenprobe erfolgt aus mindestens 20 - 25 verschiedenen, über das einzelne Quartier (bis zu einer Größe von max. 1 ha) gleichmäßig verteilten Stellen. Handelt es sich um eine größere, bodenkundlich einheitliche Fläche (insbesondere um Planieböden) kann die Bodenprobennahme auf einer ausgewählten Testfläche von einem Hektar erfolgen. Da je nach Sorte, Unterlage und Bodenbeschaffenheit ein wesentlicher Anteil der Wurzeln auch in tieferen Bodenschichten liegen kann, ist es sinnvoll, zumindest bei der ersten Probenahme Bodenmaterial aus dem Ober- (0 – 25 cm) und Unterboden (25 – 50 cm) zu entnehmen.

Jede Bodenprobe muss selbstverständlich deutlich gekennzeichnet werden, nähere Angaben über Obstart, Obstsorte, Grundstücksgröße etc. sind im Erhebungsbogen der Untersuchungsanstalt einzutragen. Für die Untersuchung auf die einzelnen Nährstoffe ist eine Durchschnittsprobe mit einer Mindestmasse von 0,5 kg erforderlich. Die Durchschnittsproben sind in sauberem Verpackungsmaterial (Papiersäckchen, Plastiksäckchen oder Schachteln) abzufüllen. Günstige Tarife für die Bodenuntersuchung gibt es im Rahmen der Bodenuntersuchungsaktionen der Kammern für Land- und Forstwirtschaft. Die Bodenuntersuchung auf Nährstoffe sollte alle 5 Jahre wiederholt werden.