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Im Vergleich zu Konventioneller oder Integrierter Produktion schwierigere und aufwendigere Bedingungen ergeben sich bei Biologischer Obstproduktion vor allem hinsichtlich Unkrautbekämpfung, -mechanische Verfahren dominieren-, sowie der Bekämpfung von Krankheiten und Schädlingen.

Problemkrankheiten im Biologischen Apfelanbau stellen für schorfanfällige Sorten Schorf, Regenflecken- bzw. Fliegenschmutzkrankheit und Lagerfäulen, vor allem die Gloeosporium-Bitterfäule, Problemschädlinge mehlige Apfelblattlaus, diverse Raupen, Apfelsägewespe und Apfelwickler dar.

Bei Steinobstarten schwierig in den Griff zu bekommen sind Monilia-Spitzendürre und Monilia-Fäule, andere Fäuleerreger, Kräuselkrankheit bei Pfirsich, Pflaumensägewespe, Pflaumenwickler und Kirschfruchtfliege.

Im Beerenobstbereich führen immer wieder Schäden durch Botrytis-Fäule und andere Fäuleerreger wie Colletotrichum oder Doldenwelke bei Holunder zu hohen wirtschaftlichen Einbußen.

Apfelwicklerbefall	Apfelsägewespenbefall
Schäden durch Apfelsägewespe und Wicklerarten	Schäden durch Fruchtschorf, Apfelsägewespe und div. Raupen
Frucht rechts unten: Gloeosporiumfäule	Schäden durch Rüsselkäfer