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Der Schwarze Holunder zeichnet sich durch eine geringe Anfälligkeit für Schädlinge und Krankheitserreger aus. Lediglich in windarmen Senken können verstärkt Schädigungen durch die Schwarze Holunderblattlaus (Aphis sambuci) auftreten. In Jahren mit wenig Niederschlägen können auch Gallmilben größere Schäden (Triebkrümmungen) hervorrufen. Auch die Spinnmilbenart Tetranychus urticae kann schädigend auftreten. Die größten Schäden werden jedoch von Mäusen verursacht. In Holunderanlagen können ihre Gänge mehr als 40 m lang sein.

Außerdem sollten bei der Neuanlage von Holunderplantagen nur virusgetestete Sorten verwendet werden, denn wilder Schwarzer Holunder ist meist stark virusverseucht.

Für ein gutes Wachstum braucht der Schwarze Holunder viel Stickstoff.

Als System zur Bodenpflege eignen sich je nach Menge und Verteilung der Niederschläge Teil- oder Grasmulch am besten.

Holunder ist robust gegenüber zahlreichen Schädlingen und Krankheiten